seeDNAロゴアイコン 骨格系疾患

概要

1. 概要

“バイオマーカー”という言葉をご存じでしょうか？
健康診断で測定する血圧、心電図、血糖値もバイオマーカーとして利用されています。
近年ではがんの再発や転移の有無などを知るためにも用いられ、がん種ごとに様々なバイオマーカーが特定されています。
そのうち、肝臓がんや骨肉腫のバイオマーカーとして利用されているのがアルカリホスファターゼという酵素の一種です。
アルカリホスファターゼは肝機能や骨に異常があるときに血液中に多く流れ出すことが分かっています。
しかし、アルカリホスファターゼを含むバイオマーカーには感度と特異度に問題があり、100%の確率で病気の有無を把握できるわけではありません。（ここで示す感度とは、検査で病気の人を正しく判定できる割合、特異度は検査で病気ではない人を正しく判定できる割合を指しています。）
バイオマーカーは病気のほか、遺伝子などからも影響を受けるため、バイオマーカーの精度を上げるには遺伝的要因も考慮する必要があることが分かっています。
遺伝子検査でご自身の遺伝子タイプがバイオマーカーにどのような影響を与えているか、調べてみてはいかがでしょうか 。

2. 理論的根拠

アイスランド大学の研究チームは、がんのバイオマーカーであるアルカリホスファターゼと特定の遺伝子「LINC02341」の「rs9533095」というDNA配列の関係を調べました（参考リンク１）。
遺伝子解析の結果、この特定のDNA配列とアルカリホスファターゼの血中濃度に相関関係が確認されました。
人の遺伝情報は、A、T、G、Cの塩基成分の配列によって決まります。「rs9533095」ではTがGに置き換わることがあり、この置き換えが起きるとアルカリホスファターゼの血中濃度が減少する傾向があることも判明しました。
このDNA領域「rs9533095」は「TT型」、「TG型」、「GG型」の3つに分類されます。このDNA領域「rs9533095」の日本人の遺伝子タイプは「TT型」が0.5％、「TG型」が13.2％、「GG型」が86.3％となっています。
特に「GG型」はアルカリホスファターゼの血中濃度は下がりやすい傾向があり、「TG型」はアルカリホスファターゼの血中濃度は「GG型」に比べてやや下がりやすい傾向があります（参考リンク２、３）。
日本人で最も多い「GG型」はほかのタイプと比べ、アルカリホスファターゼを含むバイオマーカーに影響を与えているタイプであることが知られています。

3. 作用機序

「LINC02341」という遺伝子は、人の46本の染色体のうち、13番目の染色体に存在しています。
この遺伝子は、タンパク質を作る際の設計図の役割を果たすわけではありませんが、『遺伝子⇒RNA⇒タンパク質』の順で合成が進む過程で、RNAの生成に関与していることが分かっています。
しかし、この遺伝子がどのように機能しているかは、まだ解明されていない部分が多く、特にアルカリホスファターゼの減少にどのような作用をしているのかは分かっていません。
現時点で確認されていることは、遺伝子「LINC02341」とそのDNA領域「rs9533095」が関連していること、アルカリホスファターゼの減少について相関していることが判明しています。

遺伝子領域rs9533095において日本で各遺伝タイプを持つ人の割合

86.10% 13.38% 0.52%
  • GG86.10%
  • GT13.38%
  • TT0.52%

遺伝子領域rs9533095において世界で各遺伝タイプを持つ人の割合

30.99% 49.36% 19.66%
  • GG30.99%
  • GT49.36%
  • TT19.66%

遺伝子領域rs13109814において日本で各遺伝タイプを持つ人の割合

8.32% 41.05% 50.63%
  • AA8.32%
  • AT41.05%
  • TT50.63%

遺伝子領域rs13109814において世界で各遺伝タイプを持つ人の割合

34.04% 48.61% 17.35%
  • AA34.04%
  • AT48.61%
  • TT17.35%

遺伝子領域rs2834963において日本で各遺伝タイプを持つ人の割合

21.30% 49.70% 28.99%
  • CC21.30%
  • CT49.70%
  • TT28.99%

遺伝子領域rs2834963において世界で各遺伝タイプを持つ人の割合

33.82% 48.67% 17.51%
  • CC33.82%
  • CT48.67%
  • TT17.51%

遺伝子領域rs3923において日本で各遺伝タイプを持つ人の割合

42.75% 45.27% 11.98%
  • TT42.75%
  • TC45.27%
  • CC11.98%

遺伝子領域rs3923において世界で各遺伝タイプを持つ人の割合

14.76% 47.32% 37.92%
  • TT14.76%
  • TC47.32%
  • CC37.92%

遺伝子領域rs4092465において日本で各遺伝タイプを持つ人の割合

59.91% 34.98% 5.11%
  • AA59.91%
  • AG34.98%
  • GG5.11%

遺伝子領域rs4092465において世界で各遺伝タイプを持つ人の割合

15.53% 47.76% 36.71%
  • AA15.53%
  • AG47.76%
  • GG36.71%

遺伝子領域rs2301522において日本で各遺伝タイプを持つ人の割合

38.46% 47.11% 14.43%
  • AA38.46%
  • AG47.11%
  • GG14.43%

遺伝子領域rs2301522において世界で各遺伝タイプを持つ人の割合

11.27% 44.61% 44.12%
  • AA11.27%
  • AG44.61%
  • GG44.12%

遺伝子領域rs9533090において日本で各遺伝タイプを持つ人の割合

87.89% 11.72% 0.39%
  • CC87.89%
  • CT11.72%
  • TT0.39%

遺伝子領域rs9533090において世界で各遺伝タイプを持つ人の割合

31.57% 49.23% 19.20%
  • CC31.57%
  • CT49.23%
  • TT19.20%

seeDNAロゴアイコン検査の理論的根拠

体表的なDNA領域：骨格系疾患

体表的なDNA領域：骨格系疾患

骨格系疾患 に最も強く影響する遺伝子領域は、rs9533095です。 日本における同型の遺伝子タイプの分布は下記のとおりです。

  • GG

    86.1
    %

  • GT

    13.4
    %

  • TT

    0.5
    %

他に、骨格系疾患に関わる遺伝子領域はrs13109814があります。 日本における同型の遺伝子タイプの分布は下記のとおりです

  • AA

    8.3
    %

  • AT

    41.1
    %

  • TT

    50.6
    %

他に、骨格系疾患に関わる遺伝子領域はrs2834963があります。 日本における同型の遺伝子タイプの分布は下記のとおりです

  • CC

    21.3
    %

  • CT

    49.7
    %

  • TT

    29.0
    %

他に、骨格系疾患に関わる遺伝子領域はrs3923があります。 日本における同型の遺伝子タイプの分布は下記のとおりです

  • TT

    42.8
    %

  • TC

    45.3
    %

  • CC

    12.0
    %

他に、骨格系疾患に関わる遺伝子領域はrs4092465があります。 日本における同型の遺伝子タイプの分布は下記のとおりです

  • AA

    59.9
    %

  • AG

    35.0
    %

  • GG

    5.1
    %

他に、骨格系疾患に関わる遺伝子領域はrs2301522があります。 日本における同型の遺伝子タイプの分布は下記のとおりです

  • AA

    38.5
    %

  • AG

    47.1
    %

  • GG

    14.4
    %

他に、骨格系疾患に関わる遺伝子領域はrs9533090があります。 日本における同型の遺伝子タイプの分布は下記のとおりです

  • CC

    87.9
    %

  • CT

    11.7
    %

  • TT

    0.4
    %

検査の根拠

seeDNAロゴアイコン今回調査したDNA領域

細胞中に存在するＤＮＡマップの模式図

  • ■
  • ■
  • ■
  • ■
  • ■
  • ■
  • ■
  • ■
  • ■

seeDNAロゴアイコン関連遺伝子

関連遺伝子 LINC02341
関連遺伝子 LARP1B
関連遺伝子 RUNX1
関連遺伝子 SLC17A1
関連遺伝子 ST8SIA3
関連遺伝子 AXIN1
関連遺伝子 LINC02341

seeDNAロゴアイコン参考文献

  • 関連遺伝子 LINC02341
  • 参考リンク : 2020 Jan、Sigurgeir Olafssonと研究グループがCancer Epidemiol Biomarkers Prev に発表したCommon and Rare Sequence Variants Influencing Tumor Biomarkers in Bloodという研究によると骨格系疾患 に関連するrs9533095の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 LARP1B
  • 参考リンク : 2021 May、Raha Pazokiと研究グループがNat Commun に発表したGenetic analysis in European ancestry individuals identifies 517 loci associated with liver enzymesという研究によると骨格系疾患 に関連するrs13109814の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 RUNX1
  • 参考リンク : 2021 May、Raha Pazokiと研究グループがNat Commun に発表したGenetic analysis in European ancestry individuals identifies 517 loci associated with liver enzymesという研究によると骨格系疾患 に関連するrs2834963の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 SLC17A1
  • 参考リンク : 2021 Feb、Vincent L Chenと研究グループがNat Commun に発表したGenome-wide association study of serum liver enzymes implicates diverse metabolic and liver pathologyという研究によると骨格系疾患 に関連するrs3923の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 ST8SIA3
  • 参考リンク : 2021 May、Raha Pazokiと研究グループがNat Commun に発表したGenetic analysis in European ancestry individuals identifies 517 loci associated with liver enzymesという研究によると骨格系疾患 に関連するrs4092465の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 AXIN1
  • 参考リンク : 2021 Oct、Saori Sakaueと研究グループがNat Genet に発表したA cross-population atlas of genetic associations for 220 human phenotypesという研究によると骨格系疾患 に関連するrs2301522の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 AXIN1
  • 参考リンク : 2021 Oct、Saori Sakaueと研究グループがNat Genet に発表したA cross-population atlas of genetic associations for 220 human phenotypesという研究によると骨格系疾患 に関連するrs2301522の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 LINC02341
  • 参考リンク : 2020 Dec、Jonas B Nielsenと研究グループがNat Commun に発表したLoss-of-function genomic variants highlight potential therapeutic targets for cardiovascular diseaseという研究によると骨格系疾患 に関連するrs9533090の関連性が認められました。
  • 関連遺伝子 ST8SIA3
  • 参考リンク : 2021 Oct、Saori Sakaueと研究グループがNat Genet に発表したA cross-population atlas of genetic associations for 220 human phenotypesという研究によると骨格系疾患 に関連するrs4092465の関連性が認められました。